層析柱的裝柱非常重要，裝柱的效果會直接影響層析分離效果。有濕法裝柱和干法裝柱等兩種方法。濕法裝柱很簡單，使用也普遍，就是先用比固定相多一倍的洗脫劑將固定相活成勻漿，柱子底部先用脫脂棉塞緊，然后倒入洗脫劑將脫脂棉中氣泡趕出。
用漏斗將活好的固定相倒入柱子中，打開底部活塞，將柱子中高出固定相的溶劑放出。期間不斷用橡皮棒敲打，將固定相敲實，做到密實均勻無氣泡即可。
很多時候用加壓的方法可以很高效地裝好柱子，而且在柱子中沒有氣泡產生。
干法裝柱與濕法裝柱剛好相反的是，它是將干燥的吸附劑從柱子上端直接加入到一個空的柱子中，然后用油泵抽柱子底部，相當于減壓過柱，直到柱子變得很結實，再用淋洗劑“走柱子”。
干法裝柱的一個缺點就是在裝入洗脫劑后，由于溶劑和固定相之間的吸附放熱，所以柱子容易變花，影響分離效果。
解決的方法是：
(1)固定相一定要添加結實;
(2)一定要用較多的溶劑“走柱子”，直到柱子的下端不再發燙，恢復到室溫后再撤去壓力。無論使用哪種方法裝柱，最后都要求所裝的柱子結實、勻稱、無氣泡。
上樣的技巧
上樣也有濕法和干法之分：濕法一般用淋洗劑溶解樣品，也可以用二氯甲烷、乙酸乙酯等，但溶劑越少越好。再用膠頭滴管轉移得到的溶液，沿著層析柱內壁緩慢地均勻加入。
在不用海沙的情況下，盡量不要破壞硅膠面。加樣后，打開柱底活塞，讓固定相充分地吸附所加樣品。然后再加入一些洗脫劑，再充分地吸附后將一團脫脂棉塞至接近硅膠表面。
然后就可以放心地加入大量洗脫劑，而不會沖壞硅膠表面。很多樣品在上柱前是粘乎乎的，一般沒關系。有的時候上樣后在硅膠上又會析出，這一般都是比較大量的樣品才會出現，是因為硅膠對樣品的吸附飽和，而樣品本身又是比較好的固體才會析出，這就需要先重結晶樣品，得到大部分的產品后剩余的產品再柱分。
如果不能重結晶也沒關系，直接過柱就行，樣品會隨著淋洗劑流動而慢慢溶解，最后隨著洗脫劑流出。有些樣品溶解性差，能溶解的溶劑又不能上柱(比如DMF，DMSO等，會隨著溶劑一起走，顯色是一個很長的脫尾)，這時就必須用干法上柱了。
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